Tuy nhiên có nhiều khuyến cáo cho rằng ăn rau sống có nguy cơ cao dẫn đến nhiễm ký sinh trùng. Nhất là rau sống không đảm bảo vệ sinh (tưới bón phân tươi, phân bắc chưa ủ kỹ, sử dụng thuốc trừ sâu không đúng quy định...) thì lại là món ăn mang theo mầm bệnh làm cho người ăn dễ bị viêm nhiễm đường tiêu hoá, bệnh giun sán, nhiễm độc thuốc trừ sâu cấp và mạn tính. Các loại ký sinh trùng phổ biến trong rau sống là: giun kim, giun móc, giun tóc, trứng giun đũa chó, sán lá gan, ký sinh trùng amip gây bệnh lỵ [3], thậm chí rau sống ở một số nơi còn có phẩy khuẩn tả[4] và có thể dẫn đến tiêu chảy [5][6]. Chưa kể đến việc không chỉ có các loại bào nang amip, trùng lông, trùng roi... các loại rau sống trên thị trường hiện nay còn chứa một lượng lớn các loại trứng, ấu trùng giun sán như: giun móc, giun đũa, giun đũa chó mèo, sán lá gan...[2][7][8]

Có kết quả xét nghiệm cho thấy, trong 8 mẫu rau sống thường dùng cho thấy, tỷ lệ nhiễm ký sinh trùng trên rau là 92,3-100%. Kể cả sau 3 lần rửa sạch và rửa bằng nước rửa chuyên dụng, tỷ lệ nhiễm ký sinh trùng vẫn còn ở mức 51,9-82,6%. Có những loại rau bị nhiễm ký sinh trùng 100% như rau xà lách xoong, cải bẹ xanh, rau đắng, rau tần ô, rau má. Số còn lại như xà lách, rau muống, rau gia vị cũng bị nhiễm ký sinh trùng 92,3%.[1] các rau trên được rửa 3 lần bằng nước sạch theo cách rửa thông thường rồi được làm xét nghiệm lại. Kết quả cho thấy, mức độ nhiễm ký sinh trùng nói chung vẫn còn cao, không giảm được bao nhiêu. Sau lần rửa thứ nhất, tỷ lệ nhiễm ký sinh trùng vẫn còn tới 97%, sau lần rửa thứ hai còn 77,9% và sau lần rửa thứ ba còn 51,9%.

Các loại giun như giun đũa, giun móc, giun tóc, giun kim có trên tất cả các loại rau với tỷ lệ rất cao, nhiều nhất là trên xà lách xoong (100%), thấp nhất trên rau muống (46,1%). Ký sinh trùng amip, dạng bào nang, có trong hầu hết các loại rau, nhiều nhất là trên xà lách xoong và rau má với tỷ lệ 76,5%, trứng giun đũa chó trên bảy loại rau (chỉ trừ rau muống) với tỷ lệ trung bình 11,5%.[1]

Và có khuyến cáo cho rằng không nên ăn rau sống để bảo vệ sức khỏe, tránh bị nhiễm khuẩn.[3][9] hay nên bỏ thói quen ăn rau sống[10] vì ăn rau sống với nguồn rau không chọn lọc cũng đồng nghĩa với việc tự nạp vào bụng mình những tác nhân gây bệnh nguy hiểm.[2] và ít ai biết được đằng sau sự tươi ngon của mỗi lá rau là những ẩn họa khôn lường về các mầm bệnh.[7]